Lynch nam in 2017 de functie van Larne-manager over en leidde hen van het tweede kampioenschap naar opeenvolgende toptitels.
Hij loodste hen dit seizoen ook naar de UEFA Conference League-fase, toen Larne de eerste Noord-Ierse ploeg werd die zich kwalificeerde voor de groeps- of competitiefase van een grote Europese competitie.
De 44-jarige heeft eerder de kans afgewezen om in september bij de Schotse Premier League-club St Johnstone aan de slag te gaan.
Larne staat negende in de Ierse Premier League na een haperende start van hun titelverdediging.
Het team van Inver staat veertien punten achter op gangmaker Linfield met drie wedstrijden op rij na een 1-0 thuisnederlaag tegen de Blues afgelopen weekend.
Lynch zou de taak krijgen om toezicht te houden op de wederopbouw in Derry, na een teleurstellende vierde plaats vorig seizoen in de Premier Division.
De Candystripes waren een groot deel van het seizoen verwikkeld in een titelrace met de uiteindelijke kampioen Shelbourne, maar die competitiefinish – in combinatie met de nederlaag in de bekerfinale – betekent dat Derry volgend seizoen geen Europees voetbal zal spelen.
Ze hebben ook de broers Shane en aanvoerder Patrick McEleney verloren aan respectievelijk Glentoran en Ballymena United, evenals Colm Whelan aan Bohemians na het aflopen van hun contract.
