In de tweede innings van Engeland speelde Stokes bizar lbw zonder schot tegen spinner Noman Ali.
Engeland werd uiteindelijk afgeketst voor 112, hun laagste totaal in Pakistan, waardoor de gastheren op weg waren naar een overwinning van negen wickets.
'Hij is natuurlijk teleurgesteld', zei McCullum. “We weten allemaal hoe competitief en gedreven de schipper is. Hij zal op dit moment pijn lijden door de manier waarop de serie zich heeft ontwikkeld.
„Die blessure was behoorlijk aanzienlijk. Hij heeft veel moeten inleveren en onbewust ben je misschien niet zo genaaid als je kunt zijn als het gaat om het nemen van beslissingen. Dat is normaal.“
Engeland heeft een korte doorlooptijd voor hun volgende tour, een reeks van drie tests in Nieuw-Zeeland die eind november begint.
Er wordt verwacht dat er de komende dagen een selectie zal worden aangekondigd, waarbij weinig veranderingen worden verwacht.
Beenspinner Rehan Ahmed zal waarschijnlijk plaats maken, mogelijk voor een slagman of wicketkeeper ter vervanging van Jamie Smith, die de tour geheel of gedeeltelijk zal missen vanwege de geboorte van zijn eerste kind.
De eerste test vindt plaats in Christchurch, de stad waar Stokes werd geboren voordat hij op 12-jarige leeftijd naar Groot-Brittannië verhuisde.
„Hij zal ongetwijfeld beter zijn tijdens de run“, zei McCullum, zelf een Nieuw-Zeelander.
„Het zullen een paar weken vrij zijn, ons opfrissen en teruggaan naar omstandigheden die wat meer op die in Engeland lijken. Het is weer een kans voor ons.“
